2008年11月7日，中国科学院软件研究所（以下简称中科院软件所）、中科方德软件有限公司暨基础软件国家工程研究中心（以下简称国家中心中科方德）与重庆市信息产业局（以下简称重庆信产局）、重庆西永微电子产业园区（以下简称西永微电园）正式签订合作协议，达成系列合作意向。李明树所长、张庆源总裁、操云甫所长助理、刘克龙处长，偕同中国科学院成都分院袁家虎副院长、王嘉图副处长及北京中科红旗软件技术有限公司贾栋总裁一行参加了此次签约仪式。袁院长和李所长分别做了会议致辞，重庆市委常委、常务副市长黄奇帆出席了签约仪式，并做了重要讲话。
　　此次中科院软件所、国家中心中科方德与重庆合作成立的中国科学院软件研究所重庆分部、重庆中科方德软件有限公司暨基础软件国家工程研究中心重庆分中心，是中科院在重庆建立的惟一产业基地，将与重庆各方，在软件产业发展战略、规划、政策法规等重大课题的研究，重大研究、开发和应用项目的规划、设计和实施，具有自主知识产权的产品研发、科技成果转化与推广，软件人才的培养等方面进行广泛的合作，力争将重庆打造成为中国中西部地区辐射性强、创新能力高、有效促进区域高技术产业发展的国家级软件研发基地。

　　今年3月份，重庆信产局沐华平局长率领重庆市IT代表团访问中科院软件所，就推进中科院软件所与重庆市的战略合作进行了深入会谈，随后，中科院软件所、国家中心中科方德先后两次派遣代表团去重庆进行实地考察，了解重庆方面需求，并拜访了重庆市相关委办局和当地的企业，探讨了双方的各自优势和可能的合作模式和合作领域，最终促使软件所选择在重庆部署中西部地区的首个分支机构，也是中科院软件所在全国成立的第二个分支机构。中科院软件所和国家中心中科方德与重庆的合作，将充分发挥中科院软件所、国家中心中科方德在软件领域的研发优势和重庆市发展软件产业的区位优势和市场潜力，对提高重庆在软件基础研究领域的能力，培育和发展重庆基础软件产业的龙头企业，促进重庆乃至长江上游地区信息技术和软件产业快速发展，将发挥重要的作用。
　　在签字仪式开始之前，黄市长亲自接见李明树所长、张庆源总裁一行，并做了亲切交谈。随后举行了签字仪式。

    袁院长在签字仪式致辞中表示，本次  合作非常符合中国科学院的院地合作政策和指导精神；充分肯定了中科院软件所代表科学院进军重庆，以重庆为中心辐射大西南，建设基础软件研发基地的战略意义。袁院长表示成都分院将会在以后的合作意向具体落实过程中，给予我们最大的支持。
  
    李明树所长在签字仪式致辞中表示，软件产业是发展国民经济，建设小康社会的战略产业，是国际竞争的焦点和战略制高点。大力发展软件产业已成为国际共识。重庆市人杰地灵，区位条件优越，工业基础强，科教力量雄厚，人才富集，市场潜力巨大，是我国西部地区最具潜力的特大型城市，也是我国实行西部大开发的重点开发地区。软件所和重庆市的合作，有助于充分发挥软件所在软件领域的研发优势和重庆市的区位潜力，面向地方经济和社会发展需求，推动软件科技创新能力建设，培养软件领域的高水平人才，促进我国软件产业、经济和社会的可持续发展。

    软件所重庆分部和基础软件国家工程研究中心重庆分中心，将与重庆市当地企业、高校、研究院所紧密合作，提供满足用户需求的优质软件产品和服务，形成从知识创新、技术创新、产品创新到市场创新、服务创新的产业链条，推动重庆市软件产业发展步入快车道，并探索一条“政产学研用”相结合的服务地方经济发展的新模式，为建设创新型国家的伟大事业做出杰出的贡献。

    黄市长在签字仪式讲话中表示，中科院软件所落户重庆市，具有重要战略意义：一是实现了重庆市国家顶级科研机构“零”的突破。由于历史原因，中国科学院在重庆市没有设立分院和分支机构。中科院在重庆市的科研活动和与重庆市合作工作一直是由中科院成都分院负责的。长期以来，重庆市一直努力探讨与中科院合作模式，尤其是建立基地的可行性。今天，中科院软件所、基础软件国家工程研究中心在重庆市设立分部和分中心，是中科院与重庆市合作的体制和机制方面的创新；二是加速提升重庆市软件产业的创新能力，促进软件产业链的形成。重庆市软件产业创新能力较低，处于产业价值链的低端。中科院软件所和国家中心中科方德云集了众多的国家级软件研究开发人才，在重庆市设立分部和分中心后，将会围绕重庆市软件产业发展和经济社会发展的需求，在战略研究、人才培养和产品开发等方面，帮助重庆市尽快提升软件开发水平，提高软件产业创新能力；三是加快重庆市西永园区的高端要素集聚。西永园区一方面要发展微电子产业，另一方面要发展软件及信息服务外包产业。两大产业发展有赖于人才、资金、技术等高端要素的快速集聚。这些签约活动，对于吸引其他国家级科研机构和大型软件企业落户西永园区，加速形成软件产业链，具有重要的战略意义。

随后，中科院软件所、国家中心中科方德分别与重庆信息产业局、西永微电园举行了合作协议签字仪式。